La segunda temporada consta con un total de 22 episodios y fueron emitidos originalmente del 21 de agosto de 2006 al 2 de abril de 2007. Es una continuación directa de la fuga de prisión ocurrida al final de la primera temporada. Un nuevo personaje importante se introduce, el agente especial del FBI Alexander Mahone, interpretado por William Fichtner. La primera mitad de la temporada gira en torno del viaje de los fugados hacia su familia, el dinero de Westmoreland y el plan de Michael para escapar del país. La segunda mitad se centra en la trama de conspiración de la serie. La temporada se extiende por aproximadamente tres semanas de vida de los personajes.
Trama[]
La historia continúa ocho horas después de la fuga de la prisión de la Penitenciaría Estatal Fox River, centrándose principalmente en los fugados. El viaje fugitivos a ubicaciones en todo Estados Unidos con las autoridades de cerca detrás de ellos, ya que cada uno persigue sus metas individuales. Mientras tanto, la trama de conspiración desarrolla como "La Compañía", continúa su plan para localizar y eliminar Lincoln Burrows y otros que se interponen en su camino. Gran parte de la historia en relación con la conspiración concluye por el final de la temporada.